Odliczenie podatku, co do zasady, związane jest z rozliczeniem za okres, w którym otrzymano fakturę (dokument celny), ale także z tym, czy podatnik nabył prawo do rozporządzania towarem jak właściciel. Jeśli bowiem faktura została otrzymana wcześniej, to podatnik nie ma jeszcze prawa do obniżenia podatku. W tym przypadku prawo do odliczenia podatku zawieszone jest do czasu, gdy dostawa towarów, którą dokumentuje faktura, zostanie wykonana. Takie stanowisko przedstawił Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie w interpretacji indywidualnej z dnia 8 grudnia 2009 r., nr IPPP3/443-871/09-4/MPe.

Prawo do obniżenia kwoty podatku należnego powstaje w rozliczeniu za miesiąc (kwartał), w którym podatnik otrzymał fakturę albo dokument celny. Natomiast jeżeli podatnik nie dokonał obniżenia kwoty podatku należnego w terminach określonych powyżej, może obniżyć kwotę podatku należnego w deklaracji podatkowej za jeden z dwóch następnych okresów (kwartałów) rozliczeniowych.

Należy jednocześnie pamiętać o zastrzeżeniu zawartym w art. 86 ust. 12 i ust. 12a ustawy o VAT, zgodnie z którym w przypadku otrzymania faktury przed nabyciem prawa do rozporządzania towarem jak właściciel, prawo do odliczenia podatku VAT powstaje z chwilą nabycia tego prawa. Zastrzeżenie to ma zastosowanie wtedy, gdy wystawiono fakturę, a dostawa nie miała jeszcze miejsca.

Ustawodawca stworzył podatnikowi prawo do odliczenia podatku naliczonego w określonych terminach, pod warunkiem spełnienia przez niego zarówno tzw. przesłanek pozytywnych (związek zakupów z wykonywaniem czynności opodatkowanych) oraz niezaistnienia przesłanek negatywnych (określonych w art. 88 ustawy o VAT). Uprawnienie do odliczenia kwoty VAT nie przysługuje bowiem, gdy wystawiona faktura nie odzwierciedla rzeczywistego przebiegu zdarzenia gospodarczego, a w szczególności, gdy zdarzenie gospodarcze w ogóle, bądź jeszcze, nie zaistniało (art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) ustawy o VAT).

Należy dodać, na co wskazał organ w swojej interpretacji, że w sytuacji, gdy podatnik otrzymał fakturę potwierdzającą zakup rzeczowych składników majątku wraz z towarem bądź po jego otrzymaniu, ma on prawo do odliczenia podatku naliczonego w rozliczeniu za kwartał, w którym otrzymał fakturę. Jeżeli tego nie uczynił - prawo do odliczenia przesuwa się na jeden z dwóch następujących po sobie kwartałów.