Pracodawcy, aby zmniejszyć ryzyko zachorowań na grypę swoich pracowników w okresie jesiennym, a w konsekwencji zmniejszyć ich absencję chorobową, finansują im z własnych środków szczepienia przeciw tej chorobie. Niesie to ze sobą określone konsekwencje podatkowe zarówno po stronie pracownika, jak i pracodawcy.

Dla pracownika nie stanowi przychodu sfinansowanie przez pracodawcę obowiązkowych, z punktu widzenia prawa pracy lub innych ustaw, świadczeń medycznych. Do takich nie należą jednak szczepienia przeciw grypie. W konsekwencji dla pracownika wartość szczepionki sfinansowanej przez pracodawcę stanowi przychód. Otrzymując takie świadczenie uzyskuje on nieodpłatne świadczenie, które w myśl art. 12 ust. 1 ustawy o pdof uważa się za przychód ze stosunku pracy. Przychód ten powstaje w wysokości ceny zakupu szczepionki. Jeżeli bowiem przedmiotem świadczenia są zakupione usługi, przychód ustala się według ceny zakupu (art. 11 ust. 2a ustawy o pdof).

Organy podatkowe wskazują, że jeżeli wartość świadczeń w postaci szczepień przeciw wirusowi grypy zostaje przyznana na podstawie przepisów rozporządzenia w sprawie szkodliwych czynników biologicznych dla zdrowia w środowisku pracy (Dz. U. z 2005 r. nr 81, poz. 716 ze zm.), to wówczas korzysta ze zwolnienia od podatku na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 11a ustawy o pdof. W pozostałych zaś przypadkach wartość tego świadczenia należy opodatkować.

Pomimo że na pracodawcy nie ciąży obowiązek sfinansowania pracownikom szczepień przeciw grypie, opłacenie ich należy traktować jako przejaw dbałości o zdrowie pracowników oraz działanie mające uchronić firmę przed skutkami ich nieobecności z powodu choroby. Obecność pracownika w pracy ma zaś pośredni związek z prowadzoną przez pracodawcę działalnością gospodarczą. Tak więc wydatek na zakup szczepionek przeciw grypie można uznać za koszt podatkowy w dacie jego poniesienia (tj. zgodnie z art. 22 ust. 5d ustawy o pdof i art. 15 ust. 4e ustawy o pdop lub art. 22 ust. 6b ustawy o pdof).