Czynności niepodlegające opodatkowaniu podatkiem VAT nie mogą wpłynąć na zakres prawa do odliczenia podatku naliczonego przy zastosowaniu art. 90 ust. 3 ustawy o VAT. Tak wynika z uchwały NSA z dnia 24 października 2011 r., sygn. akt I FPS 9/10.

Sprawa dotyczyła spółki, która we wniosku o interpretację wskazała, że prowadzi działalność w zakresie gier na automatach o niskich wygranych, która do dnia 31 grudnia 2008 r. nie podlega opodatkowaniu VAT. Ponadto spółka wykonywała czynności opodatkowane tym podatkiem. W związku z prowadzoną działalnością spółka ponosiła koszty dotyczące zarówno czynności opodatkowanych, jak i niepodlegających opodatkowaniu, których nie mogła bezpośrednio przyporządkować do jednego rodzaju działalności. Zdaniem spółki czynności związane z grami na automatach o niskich wygranych nie podlegają ustawie o VAT, więc obrót z tego rodzaju działalności nie jest obrotem w rozumieniu tych przepisów, zatem nie ma wpływu na ustalanie proporcji, o której mowa w art. 90 ust. 3 ustawy o VAT. Ponieważ spółka nie prowadzi działalności zwolnionej, zatem całkowity obrót podlegający przepisom ustawy jest obrotem wynikającym z prowadzenia działalności opodatkowanej.

Sprawa, po skardze kasacyjnej złożonej przez Ministra Finansów, trafiła do NSA.

Jak wskazał Sąd, w omawianej sprawie sporna jest kwestia dotycząca wykładni przepisu art. 90 ustawy o VAT. Mianowicie czy ma wpływ na zakres prawa do odliczenia podatku naliczonego sytuacja, gdy podatek naliczony związany jest zarówno z czynnościami opodatkowanymi, jak również z czynnościami niepodlegającymi opodatkowaniu VAT, przy czym niemożliwe jest przyporządkowanie odpowiednich kwot do każdego z powyższych rodzajów czynności.

Z uwagi na to, że NSA, po analizie zarówno orzecznictwa krajowego, jak i unijnego stwierdził, że omawiany problem budzi poważne wątpliwości, uznał za konieczne przedstawienie zagadnienia prawnego do rozstrzygnięcia składowi siedmiu sędziów NSA o treści: "Czy w świetle art. 86 ust. 1 i art. 90 ust. 1 i 2 ustawy o VAT czynności niepodlegające opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług mogą wpłynąć na zakres prawa do odliczenia podatku naliczonego przy zastosowaniu art. 90 ust. 3 ustawy?"

W uchwale podjętej przez NSA w siedmioosobowym składzie Sąd uznał, że w świetle przepisów art. 86 ust. 1 oraz art. 90 ust. 1 i 2 ustawy o VAT, czynności niepodlegające opodatkowaniu VAT nie mogą wpłynąć na zakres prawa do odliczenia podatku naliczonego przy zastosowaniu art. 90 ust. 3 ustawy.