Samo bezzasadne wykazanie podatku w fakturze rodzi obowiązek zapłaty. Przepisy o VAT w żaden sposób nie obligują wystawcy takiej faktury do ujęcia wykazanego przez niego podatku w deklaracji VAT. Tak uznał NSA w Warszawie w wyroku z dnia 4 grudnia 2009 r., sygn. akt I FSK 1859/08.

Sprawa dotyczyła podatnika (gminy), który zwrócił się do organu podatkowego z pytaniem, czy fakturę, o której mowa w art. 108 ustawy o VAT, dokumentującą zarówno czynność nieistniejącą jak i transakcję prawidłową, należy rozliczyć w deklaracji podatkowej VAT-7, czy poza deklaracją. Przedstawiając stan faktyczny, gmina wyjaśniła, że wydzierżawiała tereny niezabudowane na rzecz spółki z o.o. W fakturze za maj 2007 r. zawarła pozycje dokumentujące dzierżawę kilku terenów. Pomimo że umowa dzierżawy na jeden z nich została rozwiązana w kwietniu 2004 r., dzierżawa ta została pomyłkowo wskazana na fakturze. Następnie faktura została ujęta w rejestrze faktur i deklaracji VAT-7, a podatek wykazany w deklaracji został odprowadzony. Gmina uznała, że nie można wyłączyć pustej pozycji faktury z ewidencji, aby rozliczyć ją odrębnym trybem poza deklaracją podatkową, pomimo że dokumentuje czynność nieistniejącą.

Ze stanowiskiem tym nie zgodził się organ podatkowy. Uznał, że w tym przypadku na wystawcę takich faktur został nałożony obowiązek zapłaty wykazanego na nich podatku, a nie nakaz ujęcia podatku w ewidencji i rozliczenia w deklaracji VAT.

Sprawa trafiła do NSA, który rozpatrywał skargę kasacyjną gminy.

Sąd uznał, że wystawienie faktury dokumentującej usługę, która de facto nie miała miejsca, nie miało związku ze zdarzeniem, które w myśl ustawy o VAT generuje obowiązek zapłaty podatku VAT. Co więcej, sama kwota podatku wykazana na fakturze, nie stanowiła również podatku VAT w rozumieniu przepisów ustawy o VAT. Tym samym nie było możliwe, by gmina skorzystała z procedury zastrzeżonej dla rozliczania podatku VAT i wykazała taką kwotę na składanej okresowo deklaracji podatkowej.

Poparcie powyższego stanowiska, jak zaznaczył Sąd, wynika z tego, że w art. 103 ust. 1 ustawy o VAT, w brzmieniu od dnia 1 grudnia 2008 r., ustawodawca rozszerzył zakres obowiązywania tego przepisu o podmioty wymienione w art. 108, nie dokonując jednocześnie żadnych zmian w treści art. 99 ust. 1 ustawy. Fakt ten niewątpliwie potwierdza, że kwota wynikająca z "pustej faktury", jako że nie stanowi kwoty podatku VAT, nie może być wykazana w deklaracji podatkowej.