Istota przechowywania kopii faktur sprowadza się do przechowywania nośników informacji. Podatnik powinien mieć wybór tych nośników (czy w formie papierowej, czy elektronicznej) przy jednoczesnym obowiązku zaprezentowania uprawnionym organom tych informacji w żądanej przez nie formie. Tak uznał WSA w Warszawie w wyroku z dnia 8 kwietnia 2010 r., sygn. akt III SA/Wa 396/10.

Ze stanu faktycznego przedstawionego we wniosku o interpretację wynikało, że Spółka wystawia miesięcznie ok. 15.000 faktur. Jak wskazała Spółka, po ujęciu faktury w systemie księgowym, system ten stale przechowuje jej kopię, co umożliwia wydrukowanie kopii faktury w dowolnym czasie.

Spółka stoi na stanowisku, iż przepisy prawa podatkowego nie formułują obowiązku przechowywania kopii faktury w postaci papierowej. Jej zdaniem za prawnie dopuszczalne uznać należy, aby podatnik wystawiał fakturę i drukował jej oryginał przeznaczony dla kontrahenta, natomiast kopię przechowywał w systemie księgowym bez możliwości modyfikacji treści jej zapisów z możliwością jej wydrukowania na żądanie. Organ podatkowy uznał stanowisko to za nieprawidłowe.

Spółka złożyła skargę do WSA w War­szawie, który ją oddalił. Na skutek wniesienia przez Spółkę skargi kasacyjnej, NSA uchylił zaskarżony wyrok WSA oraz przekazał sprawę temu sądowi do ponownego rozpoznania.

Jak zaznaczył WSA, rozpoznając ponownie sprawę, jest on związany oceną prawną i wskazaniami co do dalszego postępowania wyrażonymi w orzeczeniu NSA.

Sąd wskazał, że w żadnym przepisie rozporządzenia w sprawie m.in. wystawiania faktur nie mówi się o drukowanej kopii faktury, co oznacza, że normodawca nie zastrzegł formy drukowanej jako jedynej możliwej do przechowywania. Dlatego nie ma normatywnych przeciwwskazań do istnienia "mieszanego" systemu wysyłania i przechowywania faktur, polegającego na wysyłaniu faktury w formie papierowej oraz przechowywaniu jej kopii w formie elektronicznej, z gotowością wydrukowania jej na każde żądanie uprawnionego organu.

Jednocześnie podkreślono, że podatnik mając obowiązek przechowywania kopii faktur ponosi wszelkie ryzyko ich utraty. Z punktu widzenia obowiązków podatnika jest zupełnie obojętne czy zostaną ukradzione bądź zniszczone kopie papierowe faktur, czy nośniki pamięci, na których zarejestrowane zostały kopie faktur.