Brak faktur VAT, utraconych w związku z pożarem, w przypadku gdy ich istnienie zostało potwierdzone wcześniej przez organ podatkowy w protokole z kontroli, nie pozbawia podatnika prawa do odliczenia VAT naliczonego za dany okres rozliczeniowy. Uznał tak WSA w Białymstoku w wyroku z dnia 31 sierpnia 2011 r., sygn. akt I SA/Bk 98/11 (orzeczenie nieprawomocne).

W rozpatrywanej przez Sąd sprawie Dyrektor Izby Skarbowej utrzymał w mocy decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej, w której zakwestionowano prawo podatnika do odliczenia podatku naliczonego zawartego w fakturach VAT dotyczących zakupu paliwa do samochodu osobowego. Stwierdzono, iż do kontroli nie przedłożono wszystkich utraconych w wyniku pożaru faktur zakupu, tym samym nie udokumentowano w pełni prawa do odliczenia podatku VAT naliczonego wykazanego w deklaracjach składanych za poszczególne okresy 2000 r. Podatnik nie zgadzając się z powyższym rozstrzygnięciem, złożył skargę do WSA. Wskazał, iż z treści protokołu znajdującego się w aktach sprawy wynika, że organ podatkowy skontrolował prawidłowość rozliczania się skarżącego z podatku VAT w okresie od stycznia do końca października 2000 r. i nie miał żadnych zastrzeżeń. Dane zawarte w deklaracjach VAT-7 odzwierciedlały zatem dane wykazane w ewidencjach zakupu i sprzedaży VAT, a te z kolei miały potwierdzenie w oryginałach faktur VAT.

Z uzasadnienia wyroku uchylającego zaskarżoną decyzję wynika, iż podstawą do skorzystania z prawa do odliczenia VAT jest istnienie faktur VAT. Faktury te muszą istnieć w dacie dokonywania rozliczenia podatkowego, bowiem w tym dniu podatnik korzysta z przysługującego mu prawa. Tym samym, obiektywna niemożność przedłożenia wszystkich faktur VAT za poszczególne okresy rozliczeniowe 2000 r., na etapie postępowania kontrolnego prowadzonego w 2004 r. oraz późniejszego postępowania podatkowego - w ocenie Sądu - nie może przesądzać o braku prawa podatnika do odliczenia podatku naliczonego wykazanych w deklaracjach VAT-7. Sporządzony protokół stanowi pośredni dowód na to, że na dzień składania deklaracji VAT-7 za poszczególne miesiące 2000 r. podatnik dysponował fakturami, których treść była odzwierciedlona w składanych deklaracjach VAT-7.

Zdaniem Sądu, z którym należy się zgodzić, faktyczny brak faktur, utraconych w związku z pożarem, w przypadku gdy ich istnienie zostało potwierdzone przez pracowników uprawnionego organu, nie pozbawił podatnika możliwości odliczenia podatku naliczonego za dany okres rozliczeniowy.