Przepisy ustawy o VAT dopuszczające sytuację, w której podatnik nie będzie miał prawa do odliczenia podatku naliczonego pomimo określenia zgodnie z przepisami proporcji wstępnej, ani do późniejszej korekty w oparciu o proporcję ostateczną, są niezgodne z Dyrektywą 2006/112. Tak uznał NSA w wyroku z dnia 13 kwietnia 2010 r., sygn. akt I FSK 532/09 (orzeczenie prawomocne).

Sprawa dotyczyła podatnika, który obok usług finansowych zwolnionych od opodatkowania podatkiem VAT, stanowiących podstawowy przedmiot działalności, wykonuje również czynności podlegające opodatkowaniu. W przypadku gdy nie jest możliwe wyodrębnienie kwot podatku naliczonego związanego z czynnościami, w stosunku do których przysługuje mu prawo do odliczenia, stosuje proporcję, o której mowa w art. 90 ust. 3-10 ustawy o VAT. Zdaniem podatnika, w sytuacji gdy nie miał on prawa do odliczenia VAT z uwagi na fakt, iż proporcja wstępna obliczona na dany rok nie przekroczyła 2%, a następnie po zakończeniu tego roku wyliczona proporcja ostateczna przekroczyła 2%, należy dokonać dla tego roku korekty podatku naliczonego.

Organ podatkowy uznał to stanowisko za nieprawidłowe.

Po skardze podatnika sprawa trafiła do WSA w Warszawie, który stwierdził, że zasługuje ona na uwzględnienie.

Skargę kasacyjną na powyższy wyrok złożył organ podatkowy. Naczelny Sąd Administracyjny ją oddalił. Jak wskazał Sąd, istotą zasady neutralności podatku VAT jest umożliwienie podatnikowi dokonania pełnego odliczenia podatku naliczonego i w ten sposób należy interpretować przepisy Dyrektywy.

Istota unormowania z art. 90 ust. 10 pkt 2 ustawy o VAT sprowadza się do tego, że jeżeli proporcja wstępna, tj. wyliczona w oparciu o obroty roku poprzedniego, nie przekroczy 2%, podatnik nie ma prawa do odliczenia VAT ustalonego z użyciem tej proporcji. W ocenie Sądu unormowanie to pozostaje w sprzeczności z przepisami wspólnotowymi, które nie zawierają tego typu ograniczeń. Art. 173 ust. 2 lit. e) 112 Dyrektywy dopuszcza odwrotny wyjątek zastrzeżony wyłącznie na korzyść podatników.

Dlatego też, zdaniem Sądu, implementacja przepisów do porządku polskiego jest wadliwa i narusza fundamentalną zasadę neutralności VAT. Organ, przy wydaniu interpretacji przepisów, powinien te przepisy (wyłączenie prawa do obniżenia podatku przy proporcji wstępnej nieprzekraczającej 2%) pominąć.

Ponadto badając zgodność art. 91 ust. 1 zdanie 2 ustawy o VAT z art. 175 ust. 3 Dyrektywy, Sąd uznał, że przepis ten jako sprzeczny z prawem wspólnotowym również nie mógł być stosowany. Uregulowanie krajowe wyłącza prawo podatnika do dokonania korekty po zakończeniu danego roku w sytuacji określonej w tym przepisie, podczas gdy przepisy Dyrektywy nie ograniczają tej możliwości bez względu na poziom proporcji wstępnej oraz jej różnicę z proporcją ostateczną.