W przypadku gdy nie jest możliwe wyodrębnienie kwot podatku naliczonego bezpośrednio związanego ze sprzedażą opodatkowaną, to powinno to zostać określone na podstawie proporcji obliczonej procentowo w stosunku rocznym, na podstawie obrotu osiągniętego w roku poprzedzającym rok podatkowy, w odniesieniu do którego jest ustalana proporcja. Tak wynika z interpretacji indywidualnej Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 2 lipca 2010 r., nr IPPP2/443‑191/10-4/IG.

Z zapytaniem do organu podatkowego zwróciła się Spółka, która zamierza przeprowadzić remont lokalu mieszkalnego częściowo wykorzystywanego do prowadzonej działalności gospodarczej a częściowo wynajmowanego osobie fizycznej.

Według Spółki z uwagi na to, iż lokal ten jest wykorzystywany przy prowadzeniu działalności oraz że znajduje się w nim siedziba Spółki, przysługuje jej prawo do odliczenia VAT z faktur dokumentujących poniesione wydatki. Zdaniem Spółki bez znaczenia pozostaje fakt, iż wartość uzyskanego obrotu ze sprzedaży usług z tytułu wynajmu lokalu mieszkalnego przekroczy w 2010 r. i w latach podatkowych następnych 2% uzyskanego przez nią obrotu ogółem ze sprzedaży towarów i usług.

Organ podatkowy nie podzielił stanowiska Spółki. Wskazał, że w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia VAT. Jednakże w przypadku spółki będzie to jedynie odliczenie częściowe, zgodnie z art. 90 ustawy o VAT. W myśl tego przepisu gdy proporcja przekroczyła 98% - podatnik ma prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o całą kwotę podatku naliczonego. Natomiast gdy nie przekroczyła 2% - podatnik nie ma prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.

W omawianej sytuacji, jak wskazał organ, decydujące znaczenie ma fakt, że lokal mieszkalny jest wykorzystywany przez Spółkę zarówno do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do odliczenia VAT, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje (najem lokalu na cele mieszkalne - zwolniony od VAT).

Zatem jeżeli w roku 2009 uzyskany obrót z wynajmu na celu mieszkalne był wyższy od 2% wartości sprzedaży ogółem, to Spółka w 2010 r. będzie miała prawo jedynie do częściowego odliczenia VAT, zgodnie z określoną proporcją za rok 2009. Przy odliczeniach w deklaracjach składanych za rok 2010 podatku naliczonego związanego z dokonywanym remontem, obrót ze sprzedaży zwolnionej uzyskany w roku 2010 nie ma znaczenia. Będzie on natomiast istotny przy ewentualnym odliczaniu podatku naliczonego związanego z dokonywanym remontem w deklaracjach za 2011 r. (proporcja za rok 2010).