Jeśli na podatniku ciążą zobowiązania z różnych tytułów, podatnik może wskazać zobowiązanie, na które powinna być zaliczona nadpłata. Tak orzekł WSA w Gdańsku w wyroku z dnia 21 grudnia 2011 r., sygn. akt I SA/Gd 935/11 (orzeczenie nieprawomocne).

W rozpatrywanej przez Sąd sprawie podatniczka wykazała w deklaracji VAT za grudzień 2010 r. nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny miesiąc. Następnie złożyła korektę tej deklaracji (deklarując kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy) wraz z wnioskiem o zaliczenie nadpłaty w VAT na poczet zaległości w VAT za wrzesień i październik 2010 r. Organ podatkowy nie zastosował się jednak do tego wniosku i nadpłatę przekazał na zaległość w podatku od czynności cywilnoprawnych.

Podatniczka nie zgadzając się z takim rozstrzygnięciem skierowała sprawę do WSA, który przyznał jej rację.

Sąd przypomniał, że do zwrotu podatku VAT stosuje się odpowiednio zasady zaliczania nadpłat na spłatę zobowiązań podatkowych. Oznacza to, że nadwyżka podatku naliczonego nad należnym wykazana do zwrotu na rachunek bankowy podlega z urzędu zaliczeniu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek od zaliczek oraz bieżących zobowiązań podatkowych. Jeżeli na podatniku ciążą zobowiązania z różnych tytułów, zalicza się ją na poczet podatku, począwszy od zobowiązania o najwcześniejszym terminie płatności. Dopiero w przypadku braku zaległości i bieżących zobowiązań, urząd dokonuje zwrotu podatku na wskazany przez podatnika rachunek bankowy. Podatnik może jednak złożyć wniosek o zaliczenie kwoty zwrotu w całości lub w części na poczet bieżących lub przyszłych zobowiązań podatkowych. Jak podkreślił Sąd, jedynie w przypadku braku wniosku podatnika organ powinien zaliczyć nadpłatę na poczet podatku o najwcześniejszym terminie płatności.

W rozpatrywanej sprawie podatniczka w sposób wyraźny wskazała, że zwrot podatku wynikający z deklaracji VAT za grudzień 2010 r. należy zaliczyć na zaległości istniejące w tym podatku za wrzesień i październik 2010 r. Wniosek podatnika w tym zakresie, jak podkreślił WSA, ma charakter wiążący dla organu podatkowego.