Podatnik może korzystać z prawa do odliczenia VAT z tytułu dostaw towarów lub świadczenia usług przez innego podatnika wyłącznie do podatków faktycznie należnych. Zasada ta nie dotyczy podatku, który jest należny tylko z tego względu, że został wykazany na fakturze. Tak wynika z wyroku NSA z dnia 19 lutego 2010 r., sygn. akt I FSK 2182/08 (orzeczenie prawomocne).

Sprawa trafiła do NSA po skardze kasacyjnej podatnika, któremu organ podatkowy odmówił prawa do odliczenia VAT z faktur zakupu. Podczas przeprowadzonego postępowania ustalono, że podatnik dokonał obrotu "pustymi" fakturami, które nie dokumentowały rzeczywistych transakcji.

NSA oddalił skargę podatnika i podzielił stanowisko organów podatkowych co do pozbawienia podatnika prawa do odliczenia VAT z tzw. "pustych" faktur.

Jak przypomniał Sąd, w toku postępowania organy podatkowe podejmują wszelkie niezbędne działania w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy. Organ podatkowy jest obowiązany zebrać i w sposób wyczerpujący rozpatrzyć cały materiał dowodowy i ocenić na jego podstawie, czy dana okoliczność została udowodniona.

Jak podkreślił NSA, organy podatkowe w sposób wiarygodny wykazały, że podatnik działał w obrocie gospodarczym w złej wierze, dokonując obrotu "pustymi" fakturami. Zatem transakcje nie odzwierciedlały rzeczywistego obrotu gospodarczego. Zasada neutralności VAT dla podatnika tego podatku wyraża się tym, że poprzez realizację prawa do odliczenia podatku naliczonego, podatnik nie ponosi faktycznie ciężaru tego podatku.

Zdaniem Sądu nie można w omawianym przypadku mówić o naruszeniu zasady neutralności VAT, skoro brak było czynności, które były opodatkowane tym podatkiem. Podatnik zatem ma prawo do odliczenia VAT przy nabyciu towarów czy usług od innego podatnika, jednak wyłącznie do podatków faktycznie należnych, tj. przypadających do zapłaty z tytułu działalności podlegającej opodatkowaniu lub zapłaconych, jeśli były one należne.