Dochód z działów specjalnych produkcji rolnej, jeżeli podatnik nie prowadzi ksiąg, ustala się przy zastosowaniu norm szacunkowych dochodu z określonej powierzchni upraw lub jednostki produkcji zwierzęcej. Stanowi o tym art. 24 ust. 4 ustawy o pdof. Wynika z tego, że podatnik ma wybór co do sposobu ustalania dochodu z działów specjalnych produkcji rolnej - ale ograniczony. Może on zrezygnować z prowadzenia podatkowej księgi przychodów i rozchodów, jeśli nie zamierza ustalać dochodu na jej podstawie, tylko na podstawie norm szacunkowych (art. 24a ust. 2 pkt 2 ustawy o pdof). Jednak jeśli jego przychody za dany rok osiągną równowartość 1.200.000 euro, od następnego roku obowiązany jest zaprowadzić księgi rachunkowe. Mówi o tym zarówno art. 24a ust. 4 ustawy o pdof, jak i art. 2 ust. 1 pkt 2 ustawy o rachunkowości.

Dochód z działów specjalnych produkcji rolnej może więc być ustalany przy zastosowaniu norm szacunkowych tylko wówczas, gdy podatnik nie prowadzi księgi podatkowej bądź nie ma obowiązku prowadzenia ksiąg rachunkowych. Stanowisko takie potwierdzają interpretacje indywidualne, organów podatkowych, np. Dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu z dnia 6 stycznia 2009 r., nr ILPB1/415-843/08-2/AG, Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 15 grudnia 2008 r., nr IPPB1/415-1131/08-2/ES. Stanowisko takie odnaleźć też można w Biuletynie Skarbowym Ministerstwa Finansów (m.in. nr 2 z 2008 r. oraz nr 1 z 2009 r.).

Mimo to nadal pojawiają się wątpliwości w tej kwestii, powodowane przede wszystkim odmiennymi wyrokami sądów, m.in. WSA w Warszawie z dnia 9 kwietnia 2009 r., sygn. akt III SA/Wa 1681/08 oraz sygn. akt III SA/Wa 1682/08, WSA w Łodzi z dnia 18 czerwca 2009 r., sygn. akt I SA/276/09, sygn. akt I SA/Łd 313/09 oraz z dnia 25 czerwca 2009 r., sygn. akt I SA/Łd 8/09. Przedstawiono je w interpelacjach poselskich nr 12889.

W odpowiedzi z 21 grudnia 2009 r. i 8 lutego 2010 r. na te interpelacje podsekretarz stanu w Ministerstwie Finansów poinformował, że obowiązek prowadzenia ksiąg rachunkowych zależy od formy prawnej jednostki lub wielkości osiąganych przychodów, nie zaś od przedmiotu działalności i sposobu opodatkowania. Jeśli więc podatnik prowadzący działy specjalne produkcji rolnej przekroczył w ubiegłym roku limit przychodów, obowiązany jest do prowadzenia ksiąg rachunkowych. W sytuacji gdy podatnik ma obowiązek prowadzenia ksiąg rachunkowych, dochód z tego źródła ustalany jest na ich podstawie.

W odpowiedzi tej podkreślono, że Minister Finansów wielokrotnie prezentował takie stanowisko. Odnosząc się do wymienionych wcześniej wyroków sądów wskazano, że zostały od nich wniesione skargi kasacyjne z uwagi na rozstrzygnięcie odmienne od treści wyroku NSA z dnia 20 czerwca 2008 r., sygn. akt II FSK 183/07. Na razie nie zostały one jeszcze rozpatrzone.