Jak wynika z przepisów ustawy o VAT w przypadku gdy podatnik wystawił korektę "in minus", to obniżenia podatku należnego dokonuje pod warunkiem posiadania, przed upływem terminu do złożenia deklaracji podatkowej za dany okres rozliczeniowy, w którym nabywca towaru lub usługi otrzymał tę korektę, potwierdzenia jej otrzymania przez nabywcę, dla którego wystawiono fakturę korygującą. Uzyskanie potwierdzenia otrzymania przez nabywcę tej korekty po terminie złożenia deklaracji podatkowej za dany okres rozliczeniowy uprawnia podatnika do jej rozliczenia za okres rozliczeniowy, w którym potwierdzenie to uzyskał.

Przepis ten był wielokrotnie krytykowany przez podatników jako niezgodny z przepisami unijnymi. Natomiast orzeczenia sądów administracyjnych w tym zakresie nie były jednolite. Jedne sądy uznawały, że aby podatnik miał prawo do rozliczenia korekty "in minus" musiał posiadać potwierdzenie odbioru korekty przez kontrahenta. Inne natomiast stwierdzały, że wymóg ten jest niezgodny z przepisami unijnymi.

Z uwagi na te rozbieżności NSA zadał pytanie prejudycjalne czy warunek wynikający z art. 29 ust. 4a ustawy o VAT nie narusza zasady neutralności VAT wynikającej z art. 90 ust. 1 dyrektywy 2006/12/WE.

Trybunał Sprawiedliwości UE w wyroku z dnia 26 stycznia 2012 r. w sprawie C-588/10 uznał, że wymóg polegający na uzależnieniu obniżenia podstawy opodatkowania wynikającej z pierwotnej faktury od posiadania przez podatnika potwierdzenia otrzymania korekty faktury przez nabywcę towarów czy usług mieści się w pojęciu warunków, o których mowa w art. 90 ust. 1 dyrektywy 2006/112/WE. Zdaniem TSUE zasady neutralności podatku od wartości dodanej oraz proporcjonalności, co do zasady, nie sprzeciwiają się takiemu wymogowi.

Jednak TSUE wskazał, że jeżeli uzyskanie przez podatnika tego potwierdzenia jest w rozsądnym terminie niemożliwe lub nadmiernie utrudnione, to nie można mu odmówić wykazania przed organami podatkowymi przy użyciu innych środków, że:

• dochował on należytej staranności celem upewnienia się, iż nabywca towarów lub usług jest w posiadaniu tej korekty i że zapoznał się z nią oraz
   
• dana transakcja została w rzeczywistości zrealizowana na warunkach określonych w tej korekcie faktury.

Tak więc biorąc pod uwagę powołane orzeczenie, aby móc pomniejszyć podatek należny z uwagi na wystawienie korekty "in minus" podatnik musi spełnić warunek wynikający z art. 29 ust. 4a ustawy o VAT, tj. posiadać potwierdzenie odbioru korekty przez kontrahenta. Jednak jeżeli podatnik będzie miał trudności z otrzymaniem tego potwierdzenia nie ze swojej winy, a np. z uwagi na likwidację firmy przez kontrahenta, będzie mógł rozliczyć taką fakturę korygującą. Przy czym będzie musiał posiadać w swojej dokumentacji dowody na to, że dochował należytej staranności w celu otrzymania omawianego potwierdzenia.