Podatnicy VAT czynni muszą prowadzić tzw. pełną ewidencję sprzedaży i zakupu. Ustawodawca wprawdzie nie określił wymogów co do formy tych ewidencji, jednak każdy podatnik powinien sam zaplanować sposób jej prowadzenia przy uwzględnieniu elementów określonych w art. 109 ust. 3 ustawy o VAT.

Nowelizacją ustawy o VAT, począwszy od dnia 1 stycznia 2010 r., ustawodawca nałożył na niektórych podatników obowiązek zawierania w prowadzonej ewidencji dodatkowych danych. Wynika to z dodanego do art. 109 ustawy o VAT ust. 3a. W myśl tego przepisu podatnicy świadczący usługi, których miejscem świadczenia nie jest terytorium kraju, są obowiązani w prowadzonej ewidencji podać nazwę usługi, wartość usługi bez podatku od wartości dodanej lub podatku o podobnym charakterze, uwzględniając moment powstania obowiązku podatkowego określany dla tego rodzaju usług świadczonych na terytorium kraju.

Należy zwrócić uwagę, że prowadzenie ewidencji jest niezwykle istotne z punktu widzenia art. 109 ust. 2 ustawy o VAT. W określonych bowiem sytuacjach naczelnik urzędu skarbowego lub organ kontroli skarbowej określi, w drodze oszacowania, wartość sprzedaży opodatkowanej i ustali od niej kwotę podatku należnego. Może to zrobić w przypadku stwierdzenia, że podatnik nie prowadzi ewidencji albo prowadzi ją w sposób nierzetelny, a na podstawie dokumentacji nie jest możliwe ustalenie wartości sprzedaży. Przy czym jeżeli nie można określić przedmiotu opodatkowania, kwotę podatku ustala się przy zastosowaniu stawki 22%.