Opłata skarbowa pobrana w związku z wydaniem zaświadczenia VAT-25 nie stanowi obciążenia podatkowego w rozumieniu art. 90 TWE. Tak wynika z prawomocnego wyroku NSA z dnia 22 czerwca 2010 r., sygn. akt II FSK 674/10.

Prezydent Miasta odmówił podatnikowi stwierdzenia nadpłaty z tytułu opłaty skarbowej. W uzasadnieniu swojej decyzji wyjaśnił, że Naczelnik Urzędu Skarbowego potwierdził, że podatnik w latach 2004-2008 występował z wnioskami o wydanie zaświadczeń VAT-25. Wydane zaświadczenia były niezbędne dla dopuszczenia pojazdu do ruchu na terytorium Polski. Obowiązek ten określony został w art. 105 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT. Natomiast wysokość opłaty wynika z pkt 11 części II załącznika do ustawy o opłacie skarbowej. Prezydent stwierdził, że opłata skarbowa za wydane zaświadczenia stanowi ekwiwalent za faktycznie świadczoną przez administrację usługę. Leży w interesie importera, gdyż umożliwia mu rejestrację pojazdu oraz odpowiada faktycznie poniesionym kosztom związanym z załatwieniem sprawy i wydaniem zaświadczenia.

W wyniku odwołania sprawa trafiła do organu odwoławczego, w ocenie którego polskie regulacje naruszały przepis art. 90 ust. 1 TWE. Z tą decyzją nie zgodził się prokurator, który zaskarżył ją do sądu administracyjnego. WSA w Poznaniu uwzględnił skargę prokuratora i zaskarżoną decyzję uchylił. Ostatecznie sprawą zajął się NSA, który stwierdził, że skarga kasacyjna nie zasługuje na uwzględnienie.

NSA podzielił pogląd zaprezentowany przez WSA, że pobrana opłata skarbowa była - w analizowanym przypadku - rodzajem daniny publicznoprawnej związanej ze świadczeniem odpłatnym ze strony państwa (organu administracji publicznej). Uiszczając ją, ponoszący opłatę może oczekiwać "konkretnego wymiernego świadczenia ekwiwalentnego", odpowiadającego co do wartości wysokości opłaty. Według NSA opłata skarbowa pobrana w związku z wydaniem zaświadczenia VAT-25 nie stanowi obciążenia podatkowego w rozumieniu art. 90 TWE, który zakazał nakładać bezpośrednio lub pośrednio na towary pochodzące z innych państw członkowskich UE jakichkolwiek podatków wewnętrznych wyższych od tych, które nakładane są na podobne towary krajowe.

Skoro więc opłata skarbowa jest ponoszona z racji dokonania konkretnej czynności administracyjnej (wykonania świadczenia na rzecz występującego o wydanie zaświadczenia), a nie jest podatkiem nakładanym na towar pochodzący z innego państwa członkowskiego UE, nie sposób mówić o naruszeniu art. 90 TWE przez jego błędną wykładnię.