Jeżeli podczas kontroli organ podatkowy stwierdził, że dokonano zarówno czynności zakupu towarów od rolnika, jak i zwrotu VAT, odmowa prawa do powiększenia przez podatnika podatku naliczonego tylko dlatego, że nie dopełnił on wymogu czysto formalnego, sprzeciwia się celom i istocie ustalonej procedury zwrotu podatku rolnikom ryczałtowym. Zostaje bowiem naruszona zasada neutralności gwarantowana poprzez istnienie systemu naliczenie-odliczenie. Tak uznał NSA w wyroku z dnia 9 lutego 2010 r., sygn. akt I FSK 1787/08 (orzeczenie prawomocne).

W wyniku przeprowadzonych czynności kontrolnych w spółce, naczelnik urzędu skarbowego stwierdził, że w deklaracjach VAT-7 zawyżyła ona wysokość podatku naliczonego. Związane to było z nieprawidłowym zaliczeniem do podatku naliczonego, podatku zawartego w fakturach VAT RR. Na dokumentach potwierdzających dokonanie zapłaty na rachunek bankowy rolnika ryczałtowego brak było bowiem daty wystawienia lub numeru fraktury albo daty i numeru faktury VAT RR za dostarczony żywiec.

Sprawa po skardze kasacyjnej spółki trafiła do NSA, który uznał, że zasługuje ona na uwzględnienie.

Jak wskazał Sąd, podstawą odmowy prawa do zwiększenia podatku naliczonego był fakt niezamieszczenia daty lub numerów wystawionych przez spółkę faktur VAT RR, a więc niespełnienia wymogu z art. 116 ust. 6 pkt 3 ustawy o VAT. Jednak, jak wskazał Sąd, w wyniku czynności prowadzonych przez organ podatkowy, możliwe było przyporządkowanie konkretnych przelewów na rzecz rolnika ryczałtowego do konkretnych transakcji zakupu. Szczególna procedura dotycząca rolników ryczałtowych przewiduje, że rolnikowi dokonującemu sprzedaży określonych produktów czy usług przysługuje zwrot kwoty VAT, którą ma otrzymać od nabywcy.

Sąd podkreślił, że art. 25 ust. 7 VI Dy­rektywy upoważnia państwa członkowskie do wprowadzenia wszelkich niezbędnych przepisów w celu prawidłowej weryfikacji płatności zryczałtowanego zwrotu podatku rolnikom ryczałtowym. Jeśli wobec tego organy dokonały takiej weryfikacji i nie zakwestionowały samego faktu nabycia towaru, jak i zwrotu podatku, a jedynie wyciągnęły konsekwencje z niedotrzymania warunku formalnego, tj. opatrzenia dokumentów datą i numerem faktury, należy postępowanie organu podatkowego uznać za zbyt rygorystyczne.