Pracownik ma możliwość wykazania w zeznaniu rocznym kosztów uzyskania przychodów w wysokości faktycznie poniesionej. Może je jednak zastosować tylko wówczas, gdy spełnione są przesłanki określone w art. 22 ust. 11 ustawy o pdof. Tak wynika z interpretacji indywidualnej z dnia 12 lutego 2010 r. wydanej przez Dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu, nr ILPB2/415-1110/09-2/WM.

Podatnik, w celu dojazdu do zakładu pracy, korzysta z transportu autobusowego organizowanego przez pracodawcę. Finansowanie tych dojazdów odbywa się dwutorowo. Pracodawca dopłaca pracownikom za dojazdy zaliczając im te dopłaty do opodatkowanych przychodów ze stosunku pracy, natomiast pozostałą część kosztów pracownicy opłacają z własnych środków, co zostaje odzwierciedlone na listach płac w postaci potrąceń. Na udokumentowanie wskazanych dojazdów podatnik posiada bilety imienne. Na koniec roku pracodawca wystawia mu ponadto zaświadczenie, z którego wynika, jaka odpłatność za bilety na dojazd do pracy potrącona została w danym roku podatkowym i jaka doliczona w tym samym okresie do przychodów opodatkowanych. Podatnik miał jednak wątpliwości, czy w rozliczeniu rocznym do przychodów ze stosunku pracy może zastosować koszty uzyskania w wysokości faktycznie poniesionej (tj. 6.957,97 zł) w sytuacji, gdy w ciągu roku zakład pracy potrącał mu zryczałtowane koszty.

Udzielając odpowiedzi organ podatkowy wskazał, że zgodnie z art. 22 ust. 11 ustawy o pdof, jeżeli zryczałtowane pracownicze koszty, określone w art. 22 ust. 2 ustawy o pdof są niższe od wydatków na dojazd do zakładu lub zakładów pracy środkami transportu autobusowego, kolejowego, promowego lub komunikacji miejskiej, w rocznym rozliczeniu podatku koszty te mogą być przyjęte przez pracownika w wysokości wydatków faktycznie poniesionych. Przy czym ich poniesienie powinno być udokumentowane wyłącznie imiennymi biletami okresowymi. Organ podkreślił, że samo zaświadczenie o wysokości faktycznie poniesionych kosztów nie uprawnia jeszcze do ich zastosowania. Z omawianej ustawy wynika bowiem wprost, że w rocznym rozliczeniu podatku koszty faktyczne mogą być przyjęte wyłącznie na podstawie imiennych biletów okresowych - zaświadczenie może jedynie stanowić załącznik do tych biletów. Stąd słusznie uznał, że w rozpatrywanym stanie faktycznym podatnik ma prawo w rocznym zeznaniu do przyjęcia, jako koszty ze stosunku pracy, faktycznych wydatków na dojazdy do pracy.