Nie może budzić żadnych wątpliwości to, że po upływie terminu przedawnienia, w sytuacji gdy zobowiązanie podatkowe wcześniej nie wygasło na skutek jego zapłaty, niedopuszczalne jest wydawanie decyzji określającej zobowiązanie podatkowe. Tak wynika z wyroku NSA z dnia 28 czerwca 2010 r., sygn. akt I FPS 5/09.

Na skutek złożonej skargi kasacyjnej NSA zajął się sprawą spółki, która wpłaciła podatek, w wyniku czego zobowiązanie podatkowe w VAT wygasło na podstawie art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej. Następnie tuż przed upływem terminu przedawnienia określonego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej wszczęto postępowanie podatkowe, a po upływie tego terminu wydano decyzję określającą zobowiązanie w VAT.

NSA stwierdził, że nie można przyjąć, że wpłata podatku stwarza taki stan prawny, iż organ podatkowy nabywa prawo do wydawania decyzji bez żadnych ograniczeń czasowych. Skoro zobowiązanie podatkowe wygasło na skutek zapłaty podatku, to nie biegnie dalej termin przedawnienia. Nie może bowiem ponownie wygasnąć zobowiązanie podatkowe, które już nie istnieje.

NSA zwrócił także uwagę na sytuację, gdy podatnik wpłaca kwotę podatku mniejszą niż rzeczywista wysokość zobowiązania podatkowego. Wówczas następuje wygaśnięcie zobowiązania podatkowego w części. Natomiast w pozostałym zakresie zobowiązanie nadal istnieje. Dalej biegnie termin przedawnienia w stosunku do pozostałej części zobowiązania podatkowego. Ponieważ zobowiązanie podatkowe w VAT powstaje z mocy prawa i rzeczywista jego wielkość nie jest pewna, nie wiadomo, czy zobowiązanie podatkowe wygasło w całości lub w części, a zatem, czy istnieje zobowiązanie podatkowe w pewnym zakresie. Dlatego też organ podatkowy jest uprawniony do weryfikacji samoobliczenia podatnika. Sytuacja diametralnie zmienia się po upływie terminu określonego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej. Nie ma już bowiem żadnych wątpliwości, iż zobowiązanie wygasło w całości. Nawet gdy zapłacony podatek był w niższej wysokości niż wynikający z mocy prawa, a zatem nastąpiło wygaśnięcie zobowiązania podatkowego w części, to w pozostałej nadal istniejącej części wygasło ono na skutek przedawnienia.

Instytucja przedawnienia, jak wskazał NSA, pełni funkcję gwarancyjną dla podatnika. Na skutek upływu czasu następuje stabilizacja sytuacji prawnej podatnika. Nabywa on pewność, że jego stosunek zobowiązaniowy w sferze publicznoprawnej nie ulegnie już zmianie. Z drugiej strony organy administracji publicznej, które w okresie biegu terminu przedawnienia nie podjęły stosownych działań prawnych, pozbawione są możliwości ingerencji w prawa i obowiązki podatnika.