Obowiązek w zakresie opłacania podatku od środków transportowych ma zastosowanie m.in. w odniesieniu do samochodów ciężarowych o dopuszczalnej masie całkowitej powyżej 3,5 t. Organem właściwym do wniesienia daniny jest w tym przypadku organ podatkowy, na terenie którego znajduje się miejsce zamieszkania bądź siedziba podatnika. W przypadku przedsiębiorstwa wielozakładowego lub podmiotu, w skład którego wchodzą wydzielone jednostki organizacyjne, właściwym organem podatkowym jest ten, na terenie którego znajduje się zakład lub jednostka posiadająca środki transportowe podlegające opodatkowaniu. W przypadku współwłasności środka transportowego organem właściwym jest organ podatkowy odpowiedni dla osoby lub jednostki organizacyjnej, która została wpisana jako pierwsza w dowodzie rejestracyjnym pojazdu.

Wątpliwości pojawiają się w sytuacji, kiedy osoba fizyczna będąca właścicielem pojazdu prowadzi swoją działalność gospodarczą w miejscu innym aniżeli jej miejsce zamieszkania. Przypadek taki rozpatrywany był przez WSA w Krakowie. W wyroku z dnia 11 maja br. (sygn. akt I SA/Kr 245/10) Sąd uznał, że "(…) Fakt prowadzenia przez osobę fizyczną działalności gospodarczej na terenie innym niż miejsce zamieszkania, pozostaje obojętny dla oznaczenia właściwości miejscowej organu podatkowego w zakresie podatku od środków transportowych. (…)". W związku z powyższym określenie właściwości organu zgodnie z siedzibą podatnika ma zastosowanie wyłącznie w odniesieniu do osób prawnych i jednostek organizacyjnych nieposiadających osobowości prawnej, na które środek transportowy jest zarejestrowany.