Nota korygująca może zostać wystawiona jedynie przez nabywcę towarów lub usług. Nie można twierdzić, że dopuszczalne jest jej wystawienie przez sprzedawcę. Tak wynika z orzeczenia NSA z dnia 17 listopada 2009 r., sygn. akt I FSK 1179/08 (orzeczenie prawomocne).

Organ podatkowy wydał podatnikowi decyzję, w której uznał, iż skorygowanie faktur poprzez wystawienie not korygujących jest nieprawidłowe, gdyż zostały one wystawione przez sprzedawcę. W konsekwencji tego określone zostało zobowiązanie w podatku VAT. Od decyzji tej podatnik wniósł odwołanie. Organ odwoławczy utrzymał decyzję organu pierwszej instancji. Następnie podatnik wniósł skargę do WSA. Ostatecznie sprawa trafiła do NSA, który oddalił skargę kasacyjną.

Sąd w uzasadnieniu wyroku stwierdził, że w myśl § 18 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 25 maja 2005 r. w sprawie m.in. wystawiania faktur, nabywca towaru lub usługi, który otrzymał fakturę bądź fakturę korygującą zawierającą pomyłki dotyczące jakiejkolwiek informacji wiążącej się zwłaszcza ze sprzedawcą lub nabywcą bądź oznaczeniem towaru lub usługi, z wyjątkiem pomyłek w pozycjach faktury określonych w § 9 ust. 1 pkt 5-12, może wystawić fakturę nazwaną notą korygującą.

Według Sądu, brzmienie wymienionych przepisów nie pozostawia wątpliwości co do tego, że ustawodawca powiązał prawo podatnika do odliczenia podatku naliczonego z wykorzystywaniem nabytych przezeń towarów lub usług do wykonywania czynności opodatkowanych. Dopuścił również możliwość skorygowania dokumentu potwierdzającego nabycie takiego towaru lub usługi, precyzując jednak zarazem granice, w jakich korekta taka jest możliwa.

W przypadku rozbieżności pomiędzy stanem faktycznym a jego odwzorowaniem w fakturze ustawodawca dopuścił możliwość skorygowania - w pewnych jednak tylko elementach - treści faktury po to, by dokument ten odzwierciedlał rzeczywisty przebieg dokonanej czynności.

Sąd stwierdził, że nota korygująca jest odpowiednikiem faktury korygującej. O ile jednak faktura korygująca jest wystawiana przez podatnika dokonującego dostawy lub wykonującego usługę, nota korygująca wystawiana jest przez nabywcę towaru lub usługi.

Należy zauważyć, że wprawdzie omawiane orzeczenie zostało wydane na podstawie nieobowiązującego już rozporządzenia, znajduje ono zastosowanie w obecnie obowiązującym stanie prawnym. Odpowiednikiem przepisu, na podstawie którego oparto uzasadnienie, jest § 15 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 28 listopada 2008 r. w sprawie m.in. wystawiania faktur.